本发明公开了一种内陆河三元结构的干旱评价系统,方法步骤如下,1)干旱评价分区;2)山区干旱评价指标构建;3)荒漠区干旱评价指标构建;4)绿洲区干旱评价指标构建;5)干旱演变规律分析,根据步骤2、3、4的分析,可以进行内陆河干旱区的山区、荒漠区、绿洲区的干旱演变规律分析。与现有技术相比较,本发明方法以“自然‑人工”二元水循环理论为主线,从水资源系统的角度构建适用于内陆河干旱区“高山‑荒漠‑绿洲”三元结构的干旱评价系统,解决了长期以来内陆河干旱区干旱评价的问题,科学全面的反映干旱事件的特征。可广泛应用于内陆河干旱区的干旱评价,特别适用于阿克苏河流域干旱定量化评价。