本发明是一种定量检测小鼠肠内容物和粪便样本中11种短链脂肪酸的方法,属于内源性物质检测技术领域。本发明采用饱和食盐水配制的盐酸溶液酸化,稳定性好的乙酸乙酯萃取及N-叔丁基二甲基甲硅烷基-N-甲基三氟乙酰胺MTBSTFA衍生化后用气相色谱-质谱联用仪定量小鼠肠内容物和粪便样本中11种短链脂肪酸。该方法准确度、精密度高,检测限低,且定量检测短链脂肪酸种类达到11种,能满足小鼠肠内容物和粪便样本中主要短链脂肪酸测定的检测要求,有助于分析比较正常和肠炎状态下短链脂肪酸的代谢处置规律,观察短链脂肪酸的变化能否表征肠炎的动态,为发现肠炎状态下潜在的生物标志物提供重要依据。