本发明涉及中药效应物质基础研究领域,具体涉及一种基于整体观评价中药活性和作用机理的方法,其特征是:将中药提取液经高效液得到中药指纹图谱;再确定指纹图谱中的目标峰;将高效液相色谱检测器的流出管路与六通切换阀相连,通过阀切换,收集:单个目标峰、任意组合的目标峰群和指纹图谱中敲除目标峰(群)后的剩余成分群;将收集得到的样品进行药效学评价,得到目标峰群的整体活性、单个目标峰的活性排序、单个目标峰在中药提取物中的贡献度,和各个成分之间的相互作用关系。本发明拓宽了中药效应物质基础研究方向,是一种操作简单、成本较低的中药整体作用机制研究方法。