本发明公开了一种河湖水体原位生态净化系统的配置方法,首先分析流经不同宽度陆相植被带水体中营养元素浓度的变化,根据N、P等营养元素去除效果,对比确定水体净化效果达到预期值的陆生植物种;对各种水生植物栽培前后体内及水体营养物质进行测定,确定水体净化效果达到预期值的水生植物种;根据水体净化效果,对确定的陆生植物种和水生植物种进行垂直与水平两个方向的混合配置;再对河湖水体原位生态净化系统植被营建的宽度、密度及坡度进行优化,并选定水体净化效果最优时的最小宽度、最优坡度及密度。依据该配置方法所构建的河湖水体原位生态净化系统占地面积范围更小,河岸基底坡度改造工程量大幅减少,投资低、水体N、P去除率更佳。