本发明公开了一种用于定性、定量评价土壤-植物生态系统基质功能菌的微生物基因组DNA的提取方法,在细胞裂解前对样品进行预处理,称取土样5g,加入净洗液A,漩涡震荡1分钟,放入超声波常温水浴10分钟,在上清液中再加净洗液A,摇匀,在4℃,1000*rpm下离心5分钟,移去上清液,经预处理的土样加入磷酸钠缓冲液B和MT缓冲液C,置于FastPrep仪器上2分钟,速度5.5,冰上冷却后,4℃,14000*g下离心15分钟,上清液中再加入试剂D,在4℃,14000*g下离心5分钟,上清液中加入悬浮液E以沉淀蛋白质,混合物以至于SPINTM试管中,4℃,14000*g下离心,移去SPINTM滤管,放入试剂盒提供的试管中,室温干燥5分钟,后加入试剂G和重悬的DNA洗脱液,4℃,14000*g下离心5分钟,离心管即分离DNA,储存于-20℃。本发明通过土壤预处理,去除腐殖质,提高DNA产量,所提取的基质微生物DNA可直接应用于分子操作,具有简便,重复性好,准确可靠的特点。