本实用新型提供一种应用生物慢滤模块的水窖净水装置,包括窖体,位于窖体顶部的取水装置,至少一个位于窖体内部、用于净化雨水的生物慢滤模块,和位于窖体外侧、用于弃去初雨水并将后续雨水供应给水窖的初雨弃流装置;所述生物慢滤模块主要由过滤填料块和用于包裹并固定过滤填料块的金属网壳体构成,所述过滤填料块从内到外依次为活性炭层、河砂过滤基质层、砾石层;所述初雨弃流装置包括上下相邻的由中层隔板间隔的集水池和弃雨室,所述中层隔板板体上设有通孔,通孔下方设置限位网,限位网内装有浮球和固定于浮球顶部且能够覆盖通孔的阻水板。本实用新型不仅净水效果好,而且经济、环保。