本实用新型提供一种多通道信号幅度相位差的测量系统,包括依次连接的通道信号接收调理电路、多通道高速A/D采集电路、 FPGA芯片、 USB接口芯片、计算机;通道信号接收调理电路采用变压器耦合通道信号。本实用新型可测量多个通道之间的幅度与相位之差,其通过变压器耦合各个通道发射的同频率的正弦载波,并将其发送至多通道高速A/D采集电路,当正弦载波满足系统的工作频率,采集的数字信号经过FPGA芯片的数字下变频处理之后,再通过USB接口芯片传送至计算机做进一步的数字信号处理,通过一种谱估计的数字信号处理方法得到各个通道之间在同一频率的正弦载波下的相对幅度与相位之差,以得到不同通道之间的特性。