[00099571]《基于转录组测序的优异单倍型挖掘评价生物信息分析系统》
联系人： 罗庆云
所在地： 江苏南京市
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技术详细介绍
转录组测序可为优异基因的挖掘提供整体性的评价，为有效挖掘评价优异基因促进作物分子育种，利用《基于转录组测序的优异单倍型挖掘评价》生物信息分析系统V1.0（2014SR139808）/V2.0（2015SR172539）、《基于种子序列的多种单倍型全长拼接》生物信息分析系统V1.0（2015SR172908）和《基于种子序列的基因全长电子克隆(E-RACE)》生物信息分析系统V1.0（2015SR164297）等4项软件构建了基于转录组测序数据的优异基因挖掘评价系统，利用该系统可以对优异材料中相对高表达的单倍型进行评价和电子克隆。
软件工作流程完备，已应用于甜叶菊、油菜、石蒜等植物次生代谢及生长发育相关优异基因的挖掘评价。其中在甜叶菊分子标记辅助育种中功能基因分子标记的开发获得江苏省科技进步三等奖（2018）奖励。
本软件系统首先基于差异表达的单倍型转录组测序片段获取单倍型的全长，在评价材料间各单倍型的相对表达丰度的基础上，进一步确定在优异材料中特异性高表达的单倍型。实现在对相关单倍型进行克隆鉴定前对相关单倍型的利用可行性进行甑别，减少工作量，提高优异单倍型挖掘鉴定效率。本软件系统有助于生物分子育种前期基因评估，提高育种效率。
