本发明涉及一种雷帕霉素/磁性羧甲基壳聚糖纳米载药微球的制备方法。将合成的Fe3O4纳米颗粒加入液体石蜡油中,与羧甲基壳聚糖溶液混合,加入交联剂,采用磁分离收集纳米微球,经洗涤、干燥得到磁性羧甲基壳聚糖纳米微球;将制得的磁性羧甲基壳聚糖纳米微球配成水分散液,雷帕霉素溶于乙腈,搅拌,将二者混合;采用磁分离,下层沉淀用超纯水洗涤,经冷冻干燥、粉碎得到雷帕霉素/磁性羧甲基壳聚糖纳米载药微球。本发明制备的纳米载药微球具有靶向性强、载药量高、缓释性能好、粒径小、药物毒副作用低等特点,能显著提高雷帕霉素药物对肿瘤细胞的杀伤率;该方法工艺简单,制备条件温和,易于规模化生产。