本发明公开了一种低醇益生菌饮料的加工方法及饮料,该方法包括以下步骤:将水果处理后得澄清果汁,先采用频率为10~30Hz、电场强度为30~40kV/cm的脉冲电场,处理时间100~200μs,再采用频率为30~50kHz的超声波处理20~40s,得处理液;将保加利亚乳杆菌、嗜热链球菌、干酪乳酸菌和植物乳杆菌按照质量比1~2:1~3:1~2:2~3组成混合乳酸菌,发酵温度控制在30~50℃,发酵时间8~24h,发酵结束后得乳酸原液;将乳酸原液采用频率为30~40kHz的超声波处理10~20s,在乳酸原液中添加200~400mg/L的酵母菌进行酒精发酵,发酵温度10~20℃,发酵时间25~40d,发酵结束后采用0.45μm的滤膜过滤,即得到低醇益生菌饮料。生产的低醇益生菌饮料,富含乳酸菌、酵母菌等多种益生菌,具有典型的水果香气和乳酸香气,很好地保留了发酵酒中的香气物质。