本发明涉及一种复合微生物制剂及其制备方法,其包括以下重量百分比组分:发酵料45‐55%、鱼粉8‐12%、米糠15‐25%、大豆蛋白4‐6%、淀粉12‐18%;发酵料包含以下重量百分比的组分:碳酸钙35%,枯草芽孢杆菌菌粉1%,益生菌菌粉1%,木薯粉5%,大豆粉10%,糖类3%,酵母2.4%,复合矿物盐0.6%,水42%;益生菌菌粉包含以下组分:嗜酸乳杆菌菌粉、长双歧杆菌菌粉、干酪乳杆菌菌粉。本发明的复合微生物制剂用途广泛,可以用于抑制致病菌的生长,可以用于降解水中氨氮、亚硝酸盐,分解池塘中的粪便等有机物,该复合微生物制剂由天然原料发酵而成,无添加抗生素等药物,对水体无污染。