本发明涉及一株可合成苦参碱的苦豆子内生真菌及其应用和其发酵液的应用,是苦豆子内生真菌枝顶孢属(Acremoniumsp.)SA_NXE3CCTCCNO.M2012213。本发明的苦豆子内生真菌,可以通过微生物发酵合成苦参碱等苦豆子主要有效成分,从而开发新的微生物资源,为野生苦豆子植物资源的保护和利用提供了依据。并且本发明的苦豆子内生真菌可直接利用真菌发酵产生苦参碱,与植物栽培产生苦参碱相比,具有效率高,周期短,不受季节、气候、地理条件等因素的限制,经过试验证明,可通过实验室或工业发酵来生产苦参碱。