本发明公开了一种阳离子变性淀粉及其制备方法。本发明的方法步骤如下:(1)将“储池淀粉浆”与水混合,得到淀粉浆(淀粉含量为30-50%);(2)在淀粉浆中加入氯化钠和3-氯-2-羟丙基-三甲基氯化铵,45-55℃、pH9.0-12.0反应60-300分钟;氯化钠加入量为淀粉质量的5-30%,3-氯-2-羟丙基-三甲基氯化铵加入量为淀粉质量的3-15%;(3)调pH5.0-7.0;(4)将反应产物后处理得到阳离子变性淀粉。本发明在不增加设备投资的情况下,用“储池淀粉浆”生产阳离子淀粉,性能达到用鲜木薯淀粉生产的阳离子淀粉的效果。本发明可延长淀粉厂的生产周期、增加产量,对木薯深加工产业的意义重大。